Хотя DOS уже вроде и не операционная система, на самом деле ее наследие еще тянется, и наверно будет долго тянуться. Итак, у нас есть центральный каталог.

Это наш диск С:. Так вот, если мы использует FAT 16, то со времен MS DOS на количество файлов и папок в этом каталоге было ограничение. И обусловлено это самой спецификацией FAT. Подробнее читайте "Шаг 26 - Master Boot Record". Просто в описании было выделено 2 байта под описание адреса вхождения в таблицу. И все. Соответственно есть ограничение на максимальное число каталог и файлов в центральном каталоге. Даже такой вопрос есть в экзаменах Microsoft по Windows:

У пользователя свободно на диске 100 MB. Пользователь пытается сохранить файл обьемом 10 KB, а операционная система говорит что нет памяти для сохранения файла. В чем причина. Причина только одна можем быть. Он сохраняет файл в центральный каталог а там уже много файлов. Кстати в FAT32 этого ограничения нет. Это еще один аргумент в пользу FAT32. Хотя наверно делать свалку из центрального каталога то же не дело.