Специальных команд, которые используются в BAT файлах не много. Именно специальных, которые могут пригодиться при создании логики командного файла. Конечно, эти команды относятся к внутренним командам MS DOS и могут использоваться в командной строке, но все-таки эти команды обретают смысл только в пакетных файлах.

call	Вызов одного пакетного файла из другого.
echo	Вывод сообщений и переключение режима отображения команд на экране.
for	Запуск указанной команды для каждого из файлов в наборе.
goto	Передача управления в отмеченную строку пакетного файла.
if	Оператор условного выполнения команд в пакетном файле.
pause	Приостановка выполнения пакетного файла и вывод сообщения
rem 	Помещение комментариев в пакетные файлы и файл CONFIG.SYS.
shift	Изменение содержимого (сдвиг) подставляемых параметров для пакетного файла.

Кстати Вы можете легко получить подсказку по каждой этой команде в сеансе MS DOS используя ключ /?