Visual C++ позволяет создавать в окне ClassView папочки. И туда помещать классы.
Выбираем место внутри которого мы хотим создать папочку, нажимаем правую кнопку мыши и выбираем New Folder.
Появиться окошко, в него нужно внести имя новой папочки.
После этого появится новая папочка.
Вот. Теперь спокойно можно хватать мышкой нужные классы и перемещать их в папочку.