Итак, нам нужно сделать окно, которое будет мигать. То есть заголовок у которого будет мигать. Это просто. Есть функция FlashWindow():

CWnd::FlashWindow  
BOOL FlashWindow( BOOL bInvert );

Давайте пробовать. Создаем приложение на базе диалогового окна с именем TestFlash. Помещаем на него кнопку.

А к ней код:

void CTestFlashDlg::OnButton1() 
{
	BOOL bl=TRUE;
	for (int x=1;x<100;x++)
	{
		bl=!FlashWindow(bl);
		Sleep(1000);	
	}
}

Все. Остается только запустить и проверить. По нажатии на кнопку будет вот что: