INI файлы можно находить где угодно и к ним можно прописать путь. Вот пример написанный мною:

CString strFile;

strFile = ReadFromIni(strFile, "PATH", "OutputDir");  //strFile- Сюда запишется строка из INI файла
//"PATH" - Название секции
//"OutputDir"- Название ключа

CString CDeliveryCreatorDlg::ReadFromIni(CString strString, CString strSection, CString strKey)
{
	char* pIniFileName = "C:\\Program Files\\INI.ini";
	LPTSTR pstrString = strString.GetBuffer(200);    
	if(!GetPrivateProfileString(
		strSection, 
		strKey,
		"", 
		pstrString,
		200, 
		pIniFileName //Адрес INI
	))
	MessageBox("[" + strSection + "] or KEY \"" + strKey + "\" is not found", "Error");
	strString.ReleaseBuffer(strlen(pstrString));
	return strString;
} 

Материал прислал Pavel Pekki.