Помоему везде принято начинать с того, что JavaScript это вовсе не Java, как думают многие новички. Хотя за саму структуру и синтаксис скриптов была взята именно Java :-).
Думаю не ошибусь назвав язык Java компилируемым, в свою очередб JavaScript никогда не будет компилироваться, а будет как и прежде только интерпретироваться. JS предназначен для создания более "умных", "дружелюбных", и если хотите "динамических" документов. Поэтому работает только с html документом в браузере и за его пределы выйдти никак не может, об этом всегда надо помнить. Скрипты для браузера являются всего лишь сценариями для обработки различных ситуаций, которые создает пользователь своими действиями, например, движением мышки, нажатием на кнопку и т.д. Встраивание скриптов в страницу происходит посредством тега <script> и может происходить несколькими способами.
<script language="JavaScript">
<!--
document.write("JavaScript - это рулез !")
//-->
</script>
Тут вероятно надо сказать о том, что сам текст программы лучше поместить в виде html-комментария. Это убережет Вас от старых браузеров, которые не поддерживают скрипты.
<script src="url_of_my_js.js"></script>
Данные методы имеют разные преимущества, но одинаковые возможности :-). Преимущество второго метода я думаю в том, что если ваши страницы в своем большинстве содержат один и тот-же код, то такой метод поможет Вам "спасти" какое-то полезное веб-пространство и не будет заставлять посетителей загружать сотни раз один и тот-же скрипт.
Первый метод естественно лучше именно тем, что страница "хранит" свой родной код и никому его не отдаст, поэтому Вам обеспечено "безболезненное" существование вашего детища, как говорится "все своё ношу с собой" :-). Вобщем в любом случае скрипты будут работать одинаково и не имеет особо смысла думать как их оформлять. Попробуйте сначала первый метод, если у Вас на страницах будут появляться повторения кода, то вынесите их из страниц по второму методу.