Итак, открываем справочник и помечает один элемент на удаление.

Удаляем его.

Смотрим DBF файл, запись все равно есть. Подробнее в "Шаг 212 - Удаление данных из 1C, что реально происходит". А вот теперь сделаем выгрузку данных.

Теперь этой записи не будет.

Вывод, выгрузка и загрузка данных позволит ликвидировать удаленные записи. Но только перед этой операцией лучше сделать резервное копирование - "Шаг 26 - Резервные копии". Несмотря на то, что эти операции похожи есть одна разница. При резервном копировании файлы физически складываются в архив. А вот при выгрузке производится анализ данных на ошибки. Так вот, если ошибки были в результате повреждения файлов, то эти ошибки будут устранены. То есть при восстановлении Вы можете потерять информацию.