В прошлом шаге было продемонстрировано, что может возникнуть необходимость что-то делать при записи. Есть такая предопределенная процедура.

ПриЗаписи
Предопределенная процедура при записи документа.

Синтаксис: ПриЗаписи()

Англоязычный синоним:

OnWrite

Описание:
Вызов предопределенной процедуры ПриЗаписи производится в системе 1С:Предприятие при интерактивной записи документа. Если в данной предопределенной процедуре установить статус возврата — 0 (например, если данному пользователю нельзя изменять реквизиты документа), запись документа не будет выполнена.
Данная предопределенная процедура может располагаться в Модулях формы документов.

Вот здесь и место для сохранения пометки в документе основании. Только опять придется хитрить. Первое это нужно же сохранить номер документа основания. А поэтому нужно в шапке создать атрибут для сохранения.

И в момент создания документа сохранить этот номер.

.......
Если ДокОсн.ВыпискаОснования = 0 Тогда
	НомерДокОснования=ДокОсн.НомерДок;
	ДатаДок=ДокОсн.НомерДок;
Иначе     
	Предупреждение("Вы этот документ уже использовали ");
	СтатусВозврата(0);
КонецЕсли;
.......

А вот теперь при записи использовать этот номер для модификации документа.

Процедура ПриЗаписи() 
	Док = СоздатьОбъект("Документ.Док1");
	Док.НайтиПоНомеру(НомерДокОснования,Дата(0)); 
	Док.ВыпискаОснования=1;
	Док.Записать();	
КонецПроцедуры